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Scanpy to Seurat
For getting started, we recommend Scanpy's reimplementation → tutorial: pbmc3k of Seurat's [Satija15] clustering tutorial for 3k PBMCs from 10x Genomics, ...
In this vignette, we demonstrate the ability to convert between Seurat ... This data format is also use for storage in their scanpy package for which we now ...
2020/09/26CITEseq等のマルチオミクスデータへの対応はSeuratの方が優れている一方で、Scanpyで利用できるよう実装されている解析手法もあり *4、どちらもうまく活用 ...
2019/04/28今日はPythonでscRNA-seq解析。Python実装のscRNA解析ツールといえばScanpyがまず思いつきます。 Seuratに比べてそこまで使われていない印象ですが、機能 ...
... to convert from Seurat object to AnnData files via an intermediate step thorugh h5Seurat files. This allows interoperability between Seurat and Scanpy.
2020/05/20cellxgene. データは基本的にはScanpyのanndata形式となるようです。 Seuratからはloomファイルを介して2段階でanndata ...
注意: scRNA-seqデータの(標準的な)解析をやる場合は、Seurat (R) や Scanpy (Python)など、 ちゃんとテストとメンテナンスがされているプラットフォームで解析する ...
回答 3 件
Hi, I'm trying to build a single-cell browser using cellxgene from the Chan-Zuckerberg Intiative. However, I need to have a .h5ad file from the annpdata ...
2019/09/26Seurat (Butler et. al 2018) and Scanpy (Wolf et. al 2018) are two great analytics tools for single-cell RNA-seq data due to their ...

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